Įgyvendinant BPD tarpinių institucijų funkcijas vykdo:
Aplinkos ministerija (AM) – aplinkos apsaugos srityje;
Informacinės visuomenės plėtros komitetas prie LR Vyriausybės (IVPK) – informacinės visuomenės plėtros srityje;
Socialinės apsaugos ir darbo ministerija (SADM) kartu su Švietimo ir mokslo ministerija (ŠMM) – žmonių išteklių plėtros srityje;
Žemės ūkio ministerija (ŽŪM) – žemės ūkio, kaimo ir žuvininkystės plėtros srityje;
Susisiekimo ministerija (SM) – transporto infrastruktūros srityje;
Sveikatos apsaugos ministerija (SAM) – sveikatos apsaugos infrastruktūros srityje;
Ūkio ministerija (ŪM) – paramos verslo plėtrai srityje.

Įgyvendinančiųjų institucijų funkcijas vykdo:
Aplinkos ministerijos Aplinkos projektų valdymo agentūra (APVA) – aplinkosaugos projektams;
VšĮ Centrinė projektų valdymo agentūra (CPVA) – sveikatos apsaugos, švietimo ir mokslo bei socialinės apsaugos infrastruktūros, informacinių paslaugų plėtros ir techninės paramos projektams;
VšĮ Lietuvos verslo paramos agentūra (LVPA) – verslo plėtros, energetikos ir turizmo projektams;
Nacionalinė mokėjimo agentūra prie Žemės ūkio ministerijos (NMA) – žemės ūkio, kaimo plėtros ir žuvininkystės projektams;
Paramos fondas Europos socialinio fondo agentura (ESFA) – socialinės integracijos ir žmonių išteklių plėtros projektams;
Transporto investicijų direkcija (TID) – transporto projektams.